На официальном сайте ФНС России представлена информация о порядке подачи жалоб на деятельность налоговых органов, это важно, так как теперь все можно делать в электронном виде. 

Законодательством установлено, что организации и граждане могут письменно обжаловать решения регистрирующих органов о госрегистрации и об отказе в ней, а также решения вышестоящих регистрирующих органов по результатам рассмотрения жалоб на такие решения (ст. 25.4 Федерального закона от 8 августа 2001 г. № 129-ФЗ). Бумажный экземпляр жалобы может быть представлен заявителем лично или его законным представителем в регистрирующий орган, или направлен по почте. Другой способ реализации жалобы – электронный, позволяющий по средствам личного кабинета обратиться в ФНС страны.

Это можно делать, используя личный кабинет налогоплательщика, с применением электронной подписи. Законодатель отмечает, что документ на бумажном носителе и подписанный простой или квалифицированной электронной подписью признаются равнозначными. (Ст. 6 Федерального закона от 6 апреля 2011 г. № 63-ФЗ, далее – Закон № 63-ФЗ). Различаются и случаи применения простой электронной подписи и усиленной электронной подписи. При этом последняя может быть квалифицированной и неквалифицированной (п. 1 ст. 5, п. 3 ст. 5, п. 4 ст. 5 Закона № 63-ФЗ). Источник: http://www.garant.ru/news/1380684/